Oi Jessica!
A aceleração pode ser positiva ou negativa e depende da orientação da trajetória que você adota para o movimento.
Olha esse MRU aqui:

A orientação da trajetória é para a direita, um corpo seguir pela direita significa que sua velocidade é positiva (movimento progressivo) e a sua posição vai aumentando.
O outro carro tem movimento retrógrado e a velocidade é negativa, sua posição vai diminuindo com o decorrer do movimento.
Nesse caso faz sentido orientar a trajetória desse jeito, por causa dos referenciais de posição (placas), que vão aumentando conforme o corpo segue pela orientação da trajetória.
Você pode mudar a orientação da trajetória nesse caso e orientar a trajetória para a esquerda? Pode, nesse caso o carro da esquerda vai ser progressivo e ter velocidade positiva e o outro vai se tornar retrógrado com velocidade negativa.
Mas isso não é recomendado porque a gente já tem os referenciais (placas) fixadas que tratam para a direita como a orientação positiva. Você vai ter mais trabalho para fazer as contas e interpretar os dados e resultados.
É a mesma coisa no caso da queda livre e lançamento vertical, a diferença é que não tem os referenciais fixos de posição (as placas).
Você pode tanto orientar a trajetória de forma que para cima seja positivo ou orientar a trajetória de forma que para baixo seja positivo.

Olha a imagem, se você orientar a trajetória para cima, então a aceleração vai ser negativa.
Se você orienta a trajetória para baixo, a aceleração vai ser positiva.
No geral, tanto no MQL quanto no lançamento vertical, o recomendado é você orientar a trajetória de baixo para cima (a setinha da esquerda na imagem), e portanto a aceleração é negativa. A altura máxima é um número positivo e o chão é sempre a posição 0.
Se você orientar de cima para baixo, a aceleração/gravidade vai ser positiva, a altura máxima vai ser a posição 0 e o chão vai ser um valor positivo. Ou então a altura máxima ser um valor negativo e o chão a posição 0. Mais complicado nesse caso, né?
Você pode orientar dos dois jeitos, mas é melhor e mais fácil orientar de baixo pra cima.
Obrigado! Não sou professor então amém para eu fechar física hahahaha.
Meio complicado de explicar isso, qualquer dúvida é só falar.